ACTUALIZACIÓN 15/2/2016:
Gracias a Alberto González García encontré un magnífico artículo "Sobre las numeraciones de los reyes de Castilla", de Joaquín Gimeno Casalduero, con el que me reafirmo en lo anteriormente escrito. Añado que la numeración original de las crónicas de Alfonso X produjo un orden extraño, ya que computa a Alfonso I de Aragón ("el Batallador", el marido de Urraca I de León) como Alfonso VII. Así en sus crónicas Alfonso VII “el Emperador” figura como Alfonso VIII, Alfonso VIII de Castilla es “Alfonso IX de Castilla”, y Alfonso IX de León aparece... como Alfonso IX de León. En épocas posteriores a veces incluso se elimina a este último de las listas, pasando el numeral IX al rey Sabio. Fue el agustino Enrique Flórez quien acuñó la numeración actual en el siglo XVIII, aunque este historiador diferenció entre la numeración de los reyes leoneses y la de los castellanos, aduciendo por ejemplo que Alfonso VI fue el sexto rey de ese nombre en León, pero el primero de Castilla. Así Alfonso VII de León sería Alfonso II de Castilla, Alfonso VIII sería Alfonso III de Castilla, Alfonso IX de León no tendría numeral en Castilla, y Alfonso X sería X de León y IV de Castilla. Tomó como punto de partida la existencia de Castilla como reino, a partir del reparto de Fernando I, aunque quizá sería más apropiado aplicar la numeración “castellana” sólo en el caso de los reyes privativos de Castilla. Flórez también se ve obligado a mantener el VIII del Alfonso castellano para no cambiar el ordinal de los Alfonsos posteriores. Pero la realidad es que "nuestro" Alfonso IX en realidad fue el octavo rey de ese nombre, por lo que debería haber sido conocido como Alfonso VIII de León. Aunque como digo, el precio de hacer esta reenumeración supondría cambiar de numeral a todos los Alfonsos posteriores.